Geringere Pflanzenvielfalt

Auch wenn es theoretisch möglich ist, alle Pflanzenarten mit Aquaponik anzubauen, gibt es verschiedene Schwierigkeitsstufen, die unter anderem von Platz-, Wasser- und Nährstoffbedarf sowie dem Gewicht der Pflanze abhängig sind. Einfach anzubauen sind z.B. Blattgemüse und Kräuter, gefolgt von Fruchtpflanzen wie Tomaten und Erdbeeren, während Getreide und Knollen schon schwieriger sind. Hohe Sträucher und Bäume bilden das Ende des Spektrums. [3] [4]

Höhere Fehleranfälligkeit

Generell gilt: Mit steigender Komplexität und Automatisierung der Anlage nimmt die Anfälligkeit für Fehler zu. Zum Beispiel Stromausfall oder Verstopfung der Leitungen können im schlimmsten Fall die Fische sterben.
Bei der Aquaponik ist außerdem das Gleichgewicht zwischen Fischen und Pflanzen anfällig, da die Tiere in einer relativ kleinen künstlichen Umgebung empfindlicher sind als Pflanzen. Dadurch kann das System leichter aus dem Gleichgewicht geraten. Zum Beispiel, wenn die Fische von einem Virus befallen werden, wird sich dieser leicht übertragen. [3] [4]

Ist es vegan?​

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Da sich bei Aquaponik Fische und Pflanzen in einem Kreislauf befinden, und die Fische ein essentieller Bestandteil des Systems sind, kann man infrage stellen, ob das geerntete Gemüse vegan ist.
Wir haben hier u.a. folgenden Vergleich diskutiert: Wenn ein traditionelles Feld mit Kuhdung gedüngt wird, zählt das Gemüse als vegan, obwohl hier auch ein wichtiger Bestandteil von Tieren kommt. Er könnte aber leicht durch Dünger ersetzt werden. Andererseits könnte man auch bei der Aquaponik die die Fischexkremente durch nicht-tierischen Dünger ersetzen. Dann wäre man aber wieder bei der Hydroponik.
Was denkst du? [3] [4]

Höhere Investitionskosten ​

Auch wenn der Preis von der Größe, Komplexität und Verwendung der Anlage anhängig ist, sind die Investitions-, sowie die Betriebskosten im Vergleich zu anderen Anbausystemen relativ hoch. [3] [4]

Einsatz von Fischmehl​

Fischmehl wird oftmals aus Fischen bzw. Fischresten hergestellt, die aus industrieller Fischzucht oder Fischerei gewonnen werden. Beides ist in den seltensten Fällen nachhaltig.
Inzwischen wird aber an nachhaltigeren Futtermitteln geforscht. Zum Beispiel an der Nutzung der kleinen Wasserlinse (Entengrütze), die im selben System gezüchtet werden kann oder von Fliegenlarven. [3] [4]

Fischwohl

Außerdem leben die Fische oft auf sehr engem Raum zusammen. In Tanks, ohne Tageslicht, haben definitiv zu wenig Platz und somit auch kein natürlich eingerichtetes Aquarium als Lebensraum. Wir haben uns deshalb auch mit der Frage beschäftigt, wie gut es den Tieren in solch einem System geht.
Natürlich könnten auch größere tierfreundlichere Fischtanks genutzt werden. Das ist aber aufgrund der geringeren Wirtschaftlichkeit nicht der Fall. [3] [4]